Manuel Serrão foi constituído arguido no âmbito da investigação da Operação Maestro que visou a recolha de elementos probatórios relacionados com fortes suspeitas da prática dos crimes de fraude na obtenção de subsídio, fraude fiscal qualificada, branqueamento e abuso de poder e que lesaram os interesses financeiros da União Europeia e do Estado português. O empresário é suspeito de ter liderado um esquema criminoso de desvio de vários milhões de euros de fundos europeus. A Operação Maestro, na qual está também envolvido o jornalista Júlio Magalhães, desencadeou-se a 19 de março.
